La Fédération galactique découvre un organisme inconnu sur la planète SR388. Les chercheurs l’ont nommé « métroïde ».

Sur le chemin du retour vers la Terre avec un spécimen, le vaisseau de la Fédération subit une attaque des pirates de l’espace. Ils s’emparent du métroïde et le transportent sur Zèbes, la planète d'origine des pirates de l'espace, avec l’intention de transformer la créature en arme.

Après une attaque ratée contre les pirates de l’espace, la Fédération fait appel à Samus pour pénétrer sur la planète et les arrêter. Elle réussit sa mission en vainquant Kraid, Ridley et Mother Brain et en détruisant leur base.

Samus est envoyée par la Fédération galactique sur la planète SR388 pour y éliminer la menace métroïde. Elle accomplit sa mission et revient, à la surprise de tous, avec une larve de métroïde. Comme Samus est la première créature vue par la larve, cette dernière lie son empreinte filiale avec elle et la prend pour sa mère.

Samus confie la larve aux scientifiques de la Fédération, qui pensent maîtriser et utiliser les pouvoirs du métroïde pour l’amélioration de la galaxie.

Les pirates de l'espace attaquent la station de recherche de la Fédération où ils volent le jeune métroïde et tuent tout le monde.

Samus les suit jusqu’à la planète Zèbes où les forces des pirates de l’espace reprennent leurs efforts de transformer le métroïde en arme.

Lorsque Samus est sur le point de se faire battre par l’horrible Mother Brain, le jeune métroïde se sacrifie pour sauver Samus. Samus détruit ensuite Mother Brain, les pirates de l’espace et la planète Zèbes une bonne fois pour toutes.