História
Uma transmissão enigmática
Umas imagens de uma fonte desconhecida indicam que o mortal parasita X- que se pensa ter sido erradicado - pode ainda estar vivo.
A Galactic Federation despacha uma unidade especial composta por sete robôs E.M.M.I. para o remoto planeta ZDR, que se acredita ser a fonte da transmissão. Logo após chegar ao ZDR, toda a unidade desaparece.
Sendo a única imune ao parasita X, a caçadora de recompensas intergaláctica Samus Aran é enviada para descobrir o que aconteceu.
Logo após pousar, um inimigo misterioso prende Samus bem abaixo da superfície deste mundo perigoso.
Agora, Samus precisa caçar ou ser caçada enquanto atravessa seu caminho através de um labirinto de inimigos para alcançar a superfície.